Der Blaupunkt-Flötenfisch kann eine Maximallänge von zwei Meter erreichen, bleibt aber für gewöhnlich bei einer Länge von 1,20 Meter (ohne den langen Schwanzfaden). Sein Körper ist zylindrisch, sehr dünn und schuppenlos. Er besitzt eine auffällige, lang ausgezogene, röhrenförmige Schnauze. Rücken- und Afterflosse werden jeweils von 14 bis 16 Weichstrahlen gestützt. Die Wirbelzahl liegt bei 87. Die ersten vier Wirbel sind zusammengewachsen. Die Schwanzflosse läuft in einem langen Filament aus. Der Blaupunkt-Flötenfisch ist oberseits bräunlich, unterseits heller und besitzt eine Reihe von hellblauen Punkten auf der Rückenmitte vom Kopf bis zur Rückenflosse sowie auf der Mitte der Körperseiten und zwei Reihen an der Seite des Röhrenmauls. Die Punktreihen an den Körperseiten verschmelzen in Richtung Schwanz zu Linien.