Der Körper des Bachneunauges ähnelt stark dem eines Aals. Im Gegensatz zu diesem Vertreter der Knochenfische gehört das Neunauge jedoch zu den Kieferlosen. Es besitzt anstatt eines Kiefers eine Oberkieferplatte mit je einem Zahn an jeder Seite und eine Unterkieferplatte mit 5–9 Zähnen sowie eine Mundscheibe mit oberen und randständigen Lippenzähnen. Die Nasengrube ist nicht mit dem Mund verbunden; auf jeder Seite liegen sieben Kiemenöffnungen.
Das Bachneunauge ist an der Oberseite dunkelblau bis -grün gefärbt; über ein gelbliches Weiß an den Flanken geht die Färbung fließend in ein reines Weiß an der Bauchseite über.